其实我也经常遇到这个问题，不过我都是用SmartSVN解决的，突然看到这个命令行的方法记录一下。
转自:http://www.cnblogs.com/pengyingh/archive/2012/05/18/2507887.html

在用xcode4开发的时候，删除不用的文件后， 编译的时候会有missing file的警告，原因是由于SVN或git造成的。
有几种方法可以解决。
1.命令行进入missing file目录，然后运行
svn delete nameOfMissingFile
或
git rm nameOfMissingFile

2.删除隐藏的.svn文件
命令行运行
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

killall Finder

开启显示隐藏文件，然后到工程目录下删除.svn文件，然后再恢复
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles FALSE

killall Finder

3.进入工程目录，运行下面命令删除隐藏文件
find . -name .svn -exec rm -rf { } \;

笔者注：解决"missing file"参考第一条就ok了，后面两条都是删除版本控制的。

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